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污染問題就是在試驗發展過程中偶然發生的DNA轉移。PCR過程存在以下三個方面可能的污染源：環境中基因組DNA造成的樣本污染；DNA提取階段樣本間的污染；前一次PCR反應擴增產物的污染。第一種污染源很大影響程度取決于犯罪活動現場樣本的采集和證據采集人員需要采取的防護措施。環境污染只能在一定程度上用“載體對照”的方法進行監控。其他兩個數據來源的污染不僅可以同時自己遵守法律規范的實驗操作系統程序和劃分社會工作目標區域來控制，甚至消除。

建立陰性對照和檢測 PCR 試劑和試管的污染，可以監測實驗室污染的存在。陰性對照是指在整個司法樣本測試過程中對一個空白樣本進行測試。作為陰性對照，在 PCR 反應體系中加入與其他樣本中 DNA 模板相同量的純水。如果在陰性對照中檢測到任何 PCR 產物，則應在下一步之前識別并消除污染。

在對 PCR 污染可能來源的系統檢查中，Henry Lee 和他的同事發現 PCR 污染在正常的司法環境中不會發生。他們使用反向 DOT 印跡來檢測 AmpliType PM 和 DQA1系統，并檢測了 PCR 過程中可能的四個污染步驟: PCR 擴增設備、 PCR 產物處理、氣溶膠和 DNA 保存。在這些中，只有在嚴重違反實驗室采取的保護措施的情況下，才會發生可檢測到的污染。他們得出的結論是，只是粗心大意地采取行動不會導致污染的發生。